InnoDB はテーブル内の行の内部カウントを保持しません。(実際は、マルチ バージョンの為、少々複雑になります。)SELECT COUNT(*) FROM t ステートメントを処理する為に、InnoDB はテーブルのインデックスをスキャンする必要があり、それはもしインデックスが完全にバッファ プールの中に無いのであれば時間がかかります。

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